Em 01/03/1957 as Irmãs Franciscanas da Santíssima Trindade fundaram o Colégio Santa Catarina sob a direção da Irmã Bernadete Pellense e a primeira professora Irmã Lídia Giovanela. Neste ano teve início a 1ª série do Ensino Fundamental e as demais séries foram sendo implantadas gradativamente até a 4ª série.

As Irmãs primaram sempre por um ensino de qualidade e o Colégio destacava-se por sua dedicação e pelo jeito franciscano de ensinar, por sua preocupação em formar seres humanos de paz e bem, que se preocupassem com o próximo e com o meio ambiente. Com isso gradativamente aumentava a procura de vagas no Colégio e em pouco tempo o espaço físico não comportava o número de alunos matriculados. Em razão disso, no ano de 1970, a Congregação das Irmãs deu início à construção de um novo prédio na Rua Victor Konder, com instalações mais amplas e confortáveis para continuar acolhendo os estudantes e desenvolvendo a missão educacional. Neste período a direção do Colégio estava sob a responsabilidade da Irmã Geni Terezinha Cioatto.

Até 1970 o Colégio atendeu somente turmas de meninos e a partir de 1971 teve início a formação de turmas mistas. Neste ano, os estudantes passaram a usar o uniforme.

Incialmente havia apenas Irmãs cuidando da parte pedagógica e administrativa do Colégio. Pouco a pouco, com o aumento do número de estudantes e turmas, foi contratada a primeira professora leiga, Marlene Bastos, para ampliar a equipe de professores e dar continuidade na tarefa de educar.

Celebração do ano jubilar - 25 anos a serviço da educação integral e de qualidade, com o slogan “Educar é um ato de amor”

Em janeiro de 1984 Irmã Líria Tonet assumiu a missão de Diretora do Colégio e no seu período de gestão iniciou a parceria com a empresa Positivo, de Curitiba, para implantação do material do Sistema Positivo de Ensino. Em 1986, Irmã Maria Tonet assumiu a direção do Colégio e deu continuidade à implantação do material do Sistema Positivo de Ensino que é utilizado até os dias atuais.

Com o avanço da tecnologia em relação à informática foi iniciada a informatização da secretaria e tesouraria do Colégio e logo em seguida a instalação do Laboratório de Informática com tecnologia educacional que oportunizou a agilização e modernização dos trabalhos administrativos e pedagógicos com benefícios para toda a comunidade escolar. Ano celebrativo dos 40 anos do Colégio Santa Catarina.

Em 1998 teve início a elaboração do projeto e construção do novo prédio situado na Rua Frei Evaristo, no centro de Florianópolis-SC. De forma concomitante ao desenrolar da obra de construção do novo prédio, foi elaborado o projeto para o processo de aprovação do Ensino Fundamental de 5ª a 8ª séries aprovado neste mesmo ano. Todas as séries foram sendo implantadas gradativamente a partir do ano de 1999.

No ano de 2001, com a primeira turma de 8ª série em andamento, foi encaminhado o processo de mudança do nome de “Escola Santa Catarina” (ESC) para Colégio Santa Catarina (CSC).

Celebração dos 50 anos de fundação do Colégio Santa Catarina, com o tema "Celebremos juntos os 50 anos do CSC". Neste ano celebrativo foi lançado o livro contando a história dos 50 anos do Colégio que foi escrito pela Irmã Bernadete Pellense, que foi a primeira diretora do Colégio e neste ano de 2007 realizava a missão como secretária e tesoureira do Colégio.

Com o intuito de dar continuidade à formação integral dos nossos estudantes teve início neste ano o Ensino Médio que foi implementado de forma gradativa sob a direção da Irmã Geni Terezinha Cioatto.

Neste ano sob a direção da Irmã Irene o Colégio passou por uma grande mudança e atualização do sistema de informatização, tecnologia e segurança.

Formatura da primeira turma de Ensino Médio.

Implantação do turno integral em sistema de contraturno para alunos do Ensino Fundamental I

Celebração dos 60 anos de fundação do CSC, sob tema “60 anos Semeando Paz e Bem".

A Congregação das Irmãs Franciscanas da Santíssima Trindade nomeou no ano de 2018 para assumir a Direção do Colégio, o então Gestor Administrativo, Marcelo Cristiano Leite. Formando a Equipe Diretiva foi nomeada a Irmã Rosmari Cortina para a Vice Direção e Irmã Rejane Grigoletto para a Tesouraria.